Twierdza Zamość jest związana z założeniem nowego miasta Zamość przez kanclerza i hetmana wielkiego koronnego Jana Zamoyskiego. Powstała w latach 1579 – 1618. Twierdza przeszła wielokrotne przebudowania, a kompleksowa przebudowa związana jest z latami 20 XIX wieku. Obiekt ten brał udział w wielu wielkich historycznych wydarzeniach.
Zamojska Twierdza swój chrzest bojowy przetrwała w roku 1648, kiedy to miejsce miało Powstanie Chmielnickie. W roku 1655 przez Twierdzę przeszły wojska kozackie oraz rosyjskie (Potop szwedzki). Uczestniczyła również w wojnie północnej – wojska szwedzkie prze tydzień blokowały jej terytorium. Podczas I rozbioru Polski była pod panowaniem austriackim.
Twierdza Zamojska przeżyła nawet Napoleona w 1813 roku, lecz tu nie odegrała wielkiej roli. Twierdza była przebudowywana bardzo wiele razy. W 1683 r. zmodernizował ją Jan Michał Linka – wzmocnił mury, naprawił wały, groble oraz przebudował południowo-zachodnią część. W 1809 r. Austriacy zbudowali mosty zwodzone i wnieśli nowy szaniec. Jean-Baptiste’a Malleta zajął się fortecami, bramami i fortyfikacjami. Kolejne modernizacje wprowadzali Jan Malleta-Malletski oraz Ignacy Prądzyński.